2019

サンフランシスコでのゴジラとムートーの戦いから５年が経とうとしていたある日。エマ・ラッセル博士の娘マディソンは、ダイニングのテーブルの上のパソコンで父マークとメールのやり取りをしていました。両親は現在離れて暮らしており、マディソンは度々マークの元へ遊びに行っていました。マディソンには兄アンドリューがいましたが、５年前のゴジラの巻沿いとなり亡くなっていたのでした。その頃から両親の仲が思わしくなくなったのです。そして最近エマの様子がおかしいことにマディソンは気づいていました。そのことをエマに隠れてマークに相談しようとしていると、台所から音が聞こえてきます。卵を焼いていたことを忘れていたマディソンは慌てて卵をフライパンから引き揚げます。そこへエマが起きてきました。マディソンは急いでパソコンを閉じて朝食を作っていたことを強調します。少し怪しむエマでしたが、気にすることなく、マディソンに自信の研究が完成したことを告げます。それは、怪獣とコンタクトを取ることができるようになる装置オルカ。それを聞いたマディソンは少し複雑な心境でしたが、エマを祝います。するとその時、大きな地響きが聞こえてきました。そしてエマの元に通信が入り、「例のもの」が動き見せたというのです。エマはすぐにマディソンを連れて研究所へ向かいました。

同じ頃、怪獣の調査を行う機関モナークは、政府から非難を受けていました。５年前まで秘密裏に研究を進めていたモナークでしたが、５年前のゴジラとムートーの出現、２年前のコングの出現により巨大生物タイタンの存在が世間に知れ渡ったことにより、モナークはその責任について追及されていたのでした。すぐにでも抹殺するべきだという政府に芹澤を始めとするモナークの面々は難色を示します。その態度を見て政府は「ゴジラを我々のペットにでもするつもりか」と発言しますが、芹澤は「いや、我々が彼らのペットになるのだ」と告げました。

エマとマディソンが到着したモナークの研究所では、ある巨大生物の観察が行われていました。「例のもの」とは、モナークの面々からは「モスラ」と呼ばれる生物でした。巨大な幼虫のような外見をしたモスラが大きく動きを見せたということで、研究員たちは喜びをみせていました。モスラが入れられている巨大な部屋に研究員が入ると、モスラは暴れ始めました。武装した警備員たちが慌ててモスラを撃ちますが、一切効かずに投げ飛ばされます。いてもたってもいられなくなったエマはオルカを持って部屋の中へ入りました。エマはモスラの前でオルカを起動させ、モスラとの通信を試みます。するとモスラは次第に落ち着きを見せ始めます。部屋へ入ってきたマディソンもモスラに触れ、研究が成功したことを喜びます。するとそこへ数人の武装した男たちが訪れます。そして彼らを率いるアラン・ジョナが先頭に立ち、研究員たちを撃ち始めました。エマはマディソンを庇いながら隠れますが、男たちは部屋の中へと侵入してきて、モスラを捉えようとし始めます。モスラは抵抗するために暴れ、その衝撃で天井に大きな穴が開きます。するとモスラはそこから外へ逃げ出してしまいました。アランはエマとマディソンの元にあるオルカに目をつけ、エマとマディソンを連れ出しました。

未だ政府と討論を続ける芹澤の元へ、エマとその娘マディソンが謎の組織に連れ去られたとの情報が入ります。芹澤はヴィヴィアンとサムを連れて、エマの夫でありマディソンの父であるマークの元へ向かうため、会議から抜け出しました

自宅で周辺で動物の写真の撮影に勤しんでいたマークの元へ、ヘリコプターが到着します。マークはヘリから降りてきた元同僚の芹澤、ヴィヴィアンそして見慣れぬ顔のサムと名乗る男を自宅へ案内しました。芹澤は現在のエマとマディゾンの状況、そして二人と共に、エマが開発した装置オルカも奪われたことを告げます。サムがオルカの説明をしようとするとマークはそれを遮り、「知っている」と告げました。オルカは、元々はマークが研究していた技術が元になっていることを明かします。芹澤はマークに、二人とオルカを取り戻す手助けをしてほしいとの要請をしますが、マークは渋りますが、妻と娘を取り戻すために要請を飲みました。

モナークの研究本部は、ゴジラが生息していると見られる海の中心にありました。ゴジラに息子のアンドリューを殺されているマークは、ゴジラと近づこうとしているモナークに反感を覚えますが、オルカが発する電波を探知すれば、二人の居場所がわかるだろうと提案します。探知した結果、電波が南極付近から発されていることがわかりました。

アランらは二人を連れて南極のモナーク基地に到着していました。基地をあっという間に占拠したアランは基地の中へ進み、二人にある物を見せました。巨大な氷の塊で、中には大きな影が見えます。それは、モナークが「モンスター・ゼロ」と呼び管理していて巨大生物でした。アランの目的はオルカを使ってモンスター・ゼロを目覚めさせることでした。その大きなモンスター・ゼロに圧倒されるエマと、氷に触れるマディソン。エマは素直にオルカを起動させました。

時を同じくして南極基地付近まで辿り着いていたモナークは、オルカの電波の変化に気づいていました。マークはオルカが起動されたと伝え、芹澤に急ぐよう命じます。

アランはモンスター・ゼロが眠る氷に複数の爆弾を設置し、モンスター・ゼロを目覚めさせる準備に入りました。目覚めたモンスター・ゼロをエマの操作するオルカで操ろうという作戦です。するとそこへ、芹澤が率いるモナーク軍が到着します。それに気づいたアランはエマにオルカを閉じるよう命じ、外へ逃げ出します。アランはエマに、爆弾の起動スイッチを手渡しました。モナークの戦闘員たちを引き連れて基地の中へ進んでいくマーク。銃を持って進んでいったさきにある橋。モンスター・ゼロが眠る氷が見える橋で、アランがに連れられているエマとマディソンと出会いました。マークがいることに驚くエマとマディソン。マディソンはマークの元へ駆け寄ろうとしますが、すぐに躊躇を見せます。マディソンに呼びかけるマーク。マディソンの後ろからはエマが説得します。悩んだ末、「パパごめん」と言い、エマの元へ戻りました。状況を理解できないマークに、エマは「こうするしかないの」と言ってマークの目の前で起爆スイッチを押しました。すると大きな爆発音が鳴り響き、氷の破片が飛び散ります。すると続いて大きな獣声が聞こえてきます。モンスター・ゼロが遂に目を覚ましたのです。混乱の中でエマはマディソンを連れアランと共に基地の外へと急ぎます。マークは氷の破片から逃げながらその後を追おうとしますが、衝撃で橋が崩れてしまい追うことができません。仕方なくマークは別のルートから外へ逃げ出します。なんとか外へ出たマークと戦闘員ですが、モンスター・ゼロの姿を見て驚きます。モンスター・ゼロは大きな体から三本の首が伸び、それぞれの頭が独立して動いていたのです。基地を破壊しながら暴れるモンスター・ゼロ。アラン、エマ、マディソンはオルカを持った状態ですでにヘリに逃げ込んでいました。モナークもジェット機に逃げ込みますが、その途中でヴィヴィアンがモンスター・ゼロに捕食されてしまいました。それによりジェット機への道も塞がれ絶体絶命となってしまったモナーク。するとそこへ、海から現れたゴジラが上陸、モンスター・ゼロに立ち向かいました。ゴジラとモンスター・ゼロの激しい戦いの隙にモナークはジェット機に逃げ込むことに成功します。しかし混乱の中でアランたちの行方を見失ってしまいました。

ヴィヴィアンの死にショックを隠せない芹澤。戦闘員がエマが起爆させたと伝えますが、芹澤は信じません。しかしマークが目の前でその様子を見たと伝えると芹澤は驚きます。そこへ何者かから通信が入ります。映像を表示させると、通信の相手はエマでした。行動の理由を問いただすマークに、エマは落ち着いた様子で語り掛けます。自分はアランに捕らわれているわけでなく、自らの意思で行動を共にしていること、自分たちの計画は世界各地に眠る巨大生物たちを目覚めさせ、地球本来の姿を取り戻すことであると宣言します。５年前にゴジラとムートーが戦闘を繰り広げたサンフランシスコの場所は、現在では豊かな自然に囲まれていることを例に挙げ、巨大生物が活動した場所は自然を取り戻すのだと主張します。反論するマーク、芹澤ですが、エマはそのまま通信を切りました。思いもしなかったエマの発言にモナーク一同は言葉を失ってしまいました。

通信するエマの様子を物陰から見ていたマディソンはエマに反発します。巨大生物と協調し合う世界を作ると言っていたエマを信じてついて来たにも関わらず、アランと行動を共にするエマの発言が前の発言と食い違っていると感じたマディソンは強い不快感を示します。しかしアランは既にジェット機をメキシコの島イスラ・デ・マーラへ到着させていました。そこには空を飛ぶ巨大生物ラドンが眠っています。アランはエマにオルカを起動させてラドンを目覚めさせようとします。マディソンはエマの慰留に努めますが、エマはオルカを起動させてしまいます。すると轟音が鳴り響き、火山が噴火し始めます。逃げ惑う島の人々。その様子を見たマディソンとうとうショックで泣き出してしまいました。島ではラドンが目覚め、暴れ始めました。駆けつけたモナークの戦闘員たちが島民の避難に勤しみますが、ラドンは大暴れを続けます。しかしモナークには考えがありました。モンスター・ゼロが接近していることを探知していたモナークは、ラドンとモンスター・ゼロを海上でぶつからせようという考えでした。モナークはラドンの気を引いて海上へ移動。そこへ現れたモンスター・ゼロとラドンがぶつかり合います。戦いの末に敗れたラドンはその場から離れます。そこに残ったモンスター・ゼロの元へゴジラが現れます。二体は再び激しい戦闘を繰り広げます。その様子を見ていた芹澤の元へ、米軍から通信が入ります。研究していた兵器「オキシジェン・デストロイヤー」の製造に成功したと言います。オキシジェン・デストロイヤーは海の中の酸素を壊滅させ、生物を全滅させるという兵器でした。米軍が島付近の海へ到着し、オキシジェン・デストロイヤーを投下。ゴジラとモンスター・ゼロが鳴き声を上げて沈んでいきます。海面には死亡した魚たちが浮かび上がっています。しばらくするとモンスター・ゼロが姿を現しました。しかしゴジラの姿はありません。絶望するモナーク。モンスター・ゼロにはオキシジェン・デストロイヤーは効果が無く、そのまま飛んで行ってしまいました。モナークは急いでゴジラの生命反応を探りますが、感知することはできず、芹澤はゴジラが死亡したと判断しました。

悲惨な外の様子を見つめるマディソン。マディソンはエマにこれが目的かと訊ね、黙り込むエマに「ママが怪物ね」と言い放ちその場を離れ部屋に入りました。慌ててエマは追い、部屋の外からマディソンに呼びかけますが、悲しみ、遂に呆れ果てたマディソンは一切反応しませんでした。

ゴジラの死に落胆するモナーク。それだけでなく。オキシジェン・デストロイヤーを使用しても倒すことができなかったモンスター・ゼロの強靭さに絶望感を覚えていました。ゴジラを憎んでいたマークでさえ、南極でゴジラに救われたこと、ゴジラならモンスター・ゼロに対抗できると信じていたことから、ゴジラの死に肩を落としていました。

中国の滝には、モナーク中国基地の面々が集まっていました。基地を逃げ出したモスラは、滝の中に大きな繭を作っていたのでした。そして今、その繭が大きな変化を遂げようとしていることをモナークは察知していました。芹澤らと共にいるチェン博士とは双子の姉妹であるリン博士が発光する繭を見て笑みを浮かべていました。

チェンはマークに、自身が知っている巨大生物に関する神話を語ります。そしてその神話に関する古代の絵をマークに見せます。エマが言っていたように、かつての地球はゴジラたち巨大生物が頻繁に活動しており、自然に溢れていたと。そして、その巨大生物の中でも圧倒的な強さを見せ「キング」に君臨していたのがモンスター・ゼロ、真の名をキングギドラ。キングギドラが目覚めたことで再び今、巨大生物たちが王者を決めるべき戦いをするのだろうとチェンは語ります。マークが「しかしゴジラは死んだ」というと、探知を続けていた研究員が、微弱ながらゴジラの生命反応のようなものをキャッチしたと言います。潜水艦に乗り換えそのポイントに向かうと、そこには古い像などが転がっており、その中心に弱ったゴジラが横たわっていました。ゴジラはここで休んでいるのだと理解したモナーク。しかし、ゴジラはいつ回復するのか見当もつかず、それを待っていてはキングギドラが暴れ出す危険性もあります。ゴジラを回復させるには、ゴジラの近くで核を爆発させ、そのエネルギーをゴジラに蓄えさせることが必要です。無謀な作戦しか思いつかず、モナークには再び重い空気が立ち込めます。会話を聴いていた芹澤は、父の形見である広島原爆が投下された時刻を刺した懐中時計をじっと見つめたあと、それをポケットにしまい「私が行こう」と言いました。

小型潜水ポッドに核を積み、マーク、チェンたちに別れを告げます。そして最後に芹澤は自身の研究ノートをマークに託します。マークはそれを受け取ると、小さく頷きました。芹澤はそのままポッドに乗り込み、海の中へ進んでいきました。ゆっくりとゴジラの近くへ進んだ芹澤は、潜水服で外へ出て、核をゴジラの顔の前に設置します。父の懐中時計を取り出し深呼吸した後、核のスイッチを入れます。爆発までのカウントダウンがされる中、芹澤はゴジラの顔を触りながら日本語で「さらば、友よ」と呟きました。海中に爆発音と大きな衝撃波が広がり、モナークはい急いでその場から離れていきます。マークはサムに芹澤のノートを手渡し「芹澤の死を無駄にするな」と言いました。

同じ頃、世界各地ではキングギドラの影響か、ムートーなど様々な巨大生物が目を覚まし始めていました。それを知ったマディソンは研究室に忍び込み、エマとアランの眼を盗んでオルカを盗み出しました。そしてリュックにそれを詰めて背負うと、部屋の天井の排気口のカバーを外して侵入、外へ脱出しました。森を抜けるとそこにはボストンの街が広がっています。マディソンはボストンの野球場フェンウェイ・パークに向かいます。そこでは巨大生物たちが活動を始めている影響で、ボストンの人々が避難物資を受け取っていました。マディソンは人の波をかいくぐり、グラウンドの横の中継室に忍び込みました。マディソンはそこでオルカを作動させ、オルカの周波を全世界へ発信しました。すると、世界中で活動をしていた巨大生物たちが活動を止めました。

巨大生物たちが活動を止めたことを知ったモナーク。フェンウェイ・パークが周波の発信元であることに気づいたマークは、マディソンがオルカを操作していると直感します。マークはボストンに向かうように指示しました。

アランに呼ばれたエマもまた、巨大生物たちが活動を止めたことを知ります。そしてオルカが無くなっていることに気づいたエマは、マディソンの仕業だと理解して外へ出ようとします。アランや警備員が銃を突きつけそれを止めようとしますが、アランは結局「もうお前に用はない。好きにしろ」と言いその場を離れました。マディソンを救出するためにボストンの街へ繰り出しました。

多くの巨大生物たちはオルカを通じたマディソンの呼びかけに応じましたが、キングギドラは逆に、オルカを破壊しようとボストンへ向かっていました。キングギドラが現れたボストンの人々はパニックに陥ります。外から聞こえてくる悲鳴にマディソンが怯えていると、フェンウェイ・パークにキングギドラが到達してしまいます。三本の首で球場を破壊し始めるキングギドラ。マディソンはなんとかオルカを持って逃げ惑いますが、オルカを破壊してしまいました。それにより、再び世界中の巨大生物が活動を開始しました。

モナークがボストンへ到着すると同時に、芹澤によりパワーを蓄えパワーアップしたゴジラがボストンに現れました。モナークの戦闘機がゴジラの背後に付き、キングギドラに立ち向かいます。マークは地上へ降りてマディソンを探し始めました。ゴジラとキングギドラが激しい戦闘を繰り広げ始めると、それに釣られるようにラドンもボストンへやってきます。モナークは慌てますが、そこへ、上空から眩い光が差し込みます。見ると、巨大な蝶のような生物が。それは、繭から出て成虫となったモスラでした。モスラがラドンに立ち向かっていきます。奮闘するモスラでしたが、ラドンによってビルの方へ追い詰められます。モスラに体当たりを続けるラドン。ラドンがとどめを刺すかと思われた次の瞬間、モスラが足をラドンの肩辺りに突き刺しました。ラドンは飛ぶことができなくなり地面に落ちていきます。しかし、モスラもやはり受けたダメージは大きく、動きが鈍くなってしまいました。

キングギドラにと戦っていたゴジラでしたが、やはり王者にはかなわず、地面に倒れこんでしまいました。ゴジラまでもが倒れ、絶体絶命となりますが、モスラがゴジラの上へ飛んでいきます。そして弱っているモスラは最後の力を振り絞り、光と共に鱗粉をゴジラに浴びせました。モスラは消滅してしまいましたが、ゴジラはモスラのパワーを体に溜め始めていました。

マークがマディソンを探していると、破損したオルカが落ちていることに気づきます。きっとこの辺りにマディソンがいたのだと考えたマークは、急いでマディソンを探します。そこへジープを運転するエマが合流し、二人でマディソンを探し始めます。そして二人がたどり着いたのは、かつて家族で暮らしていた自宅でした。すでに崩壊し、原型が無い自宅の中を捜索すると、瓦礫のしたから手が出ているのをマークが発見しました。慌てて瓦礫を避けると、そこには浴槽に隠れていたマディソンがいました。なんとか助かっていたマディソンに安堵するマークとエマ。しかし、キングギドラは未だ活動を続けており、ゴジラが立ち上がるまでは時間が必要と見られます。エマは、この事態を招いた責任は自分にあると考えて、オルカを持ってジープに乗り込みました。オルカでキングギドラの注意を逸らし走るエマ。マディソンとマークはモナークのヘリコプターに乗り込みます。エマはなんとか逃げていましたが、遂にキングギドラのビームを浴び、ジープから投げ出されてしまいました。絶体絶命かと思われましたが、そこへ復活したゴジラが現れキングギドラに襲い掛かりました。そしてゴジラは体中を赤く発光させ、キングギドラにぶつかります。すると大きな爆発が起きます。煙が去り、残っていたのはゴジラでした。見事ゴジラはキングギドラを撃退したのでした。するとそこへ、世界各国で活動していた巨大生物たちが現れます。そしてゴジラを囲むように並びます。ラドンもその様子を見てその円に加わりました。まさに今、ゴジラが新たな「キング」となったのでした。

数日後。アランはある施設を訪れていました。そこは、ある漁師がいる場所。オキシジェン・デストロイヤーで魚がほとんど死んでしまい、仕事ができなくなった漁師ですが、代わりに大物を手に入れていました。キングギドラの三本の首のうち、一本の首を手に入れていたのです。アランはそれを見ると笑みを浮かべ、「私が買い取ろう」と言いました。

それ以降も、モスラの新たなタマゴが発見されたりと、巨大生物に関する出来事はまだまだ起こりつづけていました。