2017

20世紀末、放射能濃度の上昇、大気汚染等、地球環境が著しく悪化し、地球意思による生物淘汰が発生します。それに伴い巨大生物「怪獣」が現れ、各都市を破壊していき、怪獣と人類の全面戦争が始まります。2030年、突如現れたゴジラは、今までの怪獣を凌駕する圧倒的破壊力で人類は苦戦を強いられます。そんな中2035年にエクシフ、2036年にビルサルドの2種類の人型異星人が地球に現れます。彼らから新しい武器を得た人間は2046年、エクシフ、ビルサルドと共に最終決戦の名目でゴジラに挑みますが戦いに敗れます。地球での生存が不可能と判断した人間、エクシフ、ビルサルドの人類は、地球を捨て「地球外惑星移住計画」を実行に移すことを決意します。2048年、人類は宇宙船アラトラム号でタウe星を目指していましたが、タウe星がとても住める環境でないという事が判明します。食料も尽きかけ、病気や精神疾患により人口は減る一方です。行き場を失った人類は、亜空間飛行を用い地球へ帰還する選択を余儀なくされます。そんな中、エクシフのメトフィエスは匿名でゴジラの情報を拡散します。更に中央政府を説得して反逆罪で拘留されていたハルオ・サカキを解放させます。ハルオは幼少期、ゴジラに目の前で両親を殺された経験からゴジラを憎み、ゴジラを殲滅し地球を人類の手に戻すことを日々目論んでいます。そんなサカキこそゴジラ殲滅に相応しいと人間と判断したのです。メトフィエスの情報によると、ゴジラはシールドを纏っている為、物理攻撃が効きません。しかし、背広の一部にシールドの隙がある事が分かり、そこを破壊する作戦を立てます。

人類が地球へ帰還すると、長距離亜空間飛行の影響で既に2万年の月日が過ぎ去っていました。偵察機を飛ばし、超音波偵察に切り替えると人類が恐れたあの鳴き声が響き渡り、ゴジラがまだ地球にいる事が判明します。しかし、選択の余地がない人類は偵察隊を地上に派遣します。地上は生き物の気配はなく静まり返っています。植物は金属の様に硬く元の地球とは明らかに違うようです。偵察隊が偵察を続ける中、突如巨大な鳥のような生物に襲撃され、ベースキャンプは壊滅状態に陥ります。その生物の死体を調べるとゴジラから派生したものだということが判明します。壊滅状態のベースキャンプは作戦を中止し、ハルオが反発するも撤退を余儀なくされます。しかし、宇宙船への帰還手段も破壊された為、他の隊と合流しなければなりません。その為にはゴジラが出現する区域を通る事が必須とされます。メトフィエスは移動中にゴジラが出現した場合は作戦を決行せざるを得ないと言いますが、ハルオはそんな運任せには出来ないと反発します 

しかし、メトフィエスの予言通り出現区域を移動中に突然ゴジラが現れます。隊員が逃げ惑う中、ハルオは空を飛べるホバーバイクに乗り、ゴジラの弱点を探るべく攻撃をしかけます。ハルオをサポートする為に指揮官のリーランドがゴジラの気を引きますが、ゴジラの熱線攻撃により死亡します。ハルオはリーランド替わり、作戦の指揮官を務めることになります。作戦は、ゴジラをトラップに誘導して集中攻撃攻撃するというものでした。隊はゴジラを引きつけ、無事にトラップポイントに誘導します。トラップにかかったゴジラに人類は一斉に攻撃を仕掛けますがシールドを纏っている為、ゴジラは無傷です。そこでハルオは死を覚悟でホバーバイクでゴジラのシールドに飛び乗り、爆弾を埋め込みシールドを破壊します。破壊されたシールドへ隊は集中攻撃を仕掛けると、遂にゴジラは倒れます。人類はゴジラに勝利したのでした。

しかし、地響きと共に地底から更に巨大なゴジラが出現します。ハルオの両親を殺したあのゴジラが2万年の時を経て更に巨大に成長していたのです。先程のゴジラとは比べものにならない破壊力で、尻尾を振っただけで隊を壊滅させます。ハルオは爆風で瓦礫に埋もれ、意識を失います。ハルオが目を覚ますと、そこは洞窟のような場所で、少女が心配そうにハルオを見守っていました。