
2014
第二次世界大戦後、アメリカではひそかに「モナーク計画」が進められていました。モナークとは大戦後、もっというと原爆投下後に世界で出現するようになった怪物を調査・研究する機関の名称です。
1999年、フィリピンの石炭採掘現場で崩落事故が起こり、そこに謎の巨大な卵が2つ発見されました。1つは既に孵化した後で、もう1つは卵のままの状態です。
同じ年、日本の雀路羅(じゃんじら)市の原子力発電所で地震による原子炉のメルトダウンが起こり、発電所に勤務するブロディ夫婦は巻き込まれます。妻・サンドラは亡くなり、夫・ジョーはサンドラを救えなかったことを悔やみました。2人の間にはフォードという息子がいました。
15年後の2014年。フォードは海軍爆弾処理班の大尉となりました。サンフランシスコに住み、看護師の妻・エルとの間に5歳の息子・サムもいます。
ある日フォードは父・ジョーが逮捕されたと聞き日本へ行きました。ジョーは15年前の原発事故の原因を政府が隠匿していると思い、調査していました。
ジョーの熱意に負け侵入禁止区域に行ったフォードは、区域が放射能汚染されていないことに驚きます。ジョーはかつての自宅でデータを回収しますが、直後2人は警備隊に連行されました。
連行された先はかつての発電所跡地で、そこには謎の巨大怪物〝ムートー〟がいました。ムートーはカマキリを連想させる、羽を持つ長い六本足の生物です。
ムートーの存在は秘され、父・ジョーの推理は事実でした。15年放射能を食べ続け成長したムートーを抹殺せよと芹沢博士は命令しますが、時既に遅く、ムートーは暴れて東へ逃走しました。父・ジョーは重傷を負って亡くなります。
ムートーら巨大怪獣は、今より高濃度の放射線で覆われた古生代の生物で、地球上の放射線量が低下により地底深くに冬眠していました。しかし原爆投下により彼らは目覚めたのです。
ムートーの天敵ともいえる怪獣に、ゴジラがいました。芹沢博士はゴジラも復活するだろうと考えます。
東へ飛んで逃げたムートーを追う生物・ゴジラが洋上に現れます。ムートーはハワイを壊滅状態に陥らせ、さらに東へ進みます。
日本で育ったムートーはオスでした。もう1つの卵は研究後捨てられ、ユッカマウンテン廃棄処分場で密かに孵化・成長していました。羽のないメスです。
繁殖のため2体のムートーは接近しました。サンフランシスコで合流する計算です。ゴジラはムートーを追います。
米軍は核兵器を用意し、それを餌に怪獣たちをおびきよせ、太平洋上で戦わせようと考えました。しかしムートーに持ち去られます。
ムートーたちは既に卵を生みつけていました。その現場を見つけたフォードは卵をガソリンで焼き払います。
追ってきたゴジラはオスのムートーを倒し、続いてオスよりも大きなメスのムートーをいずれも放射熱線で倒し、太平洋に去っていきました。